Teraterm.exe本体のあるディレクトリからTERATERM.INIを探し出して下記の通り編集すると、終了時に座標を保存してくれるようになります。
; Save VT Window position ; SaveVTWinPos=off SaveVTWinPos=on
インストーラ型なら C:\Program Files\teraterm\TERATERM.INI など？
Tera Term 設定ファイルの「ウィンドウ位置を保存する」に乗ってました。
Tera Term 設定ファイルの特別オプション
以下の設定をするには、ユーザーは Tera Term 設定ファイルを直接編集しなければなりません。
とある通り、他にもUIからは変更できない項目がたくさんあるんですねー。
マルチモニタ環境で、Windowsの設定でメイン指定をしているのがサブモニタ側だと、アプリケーションが毎度サブモニタで起動して大変だったりします。
次はTeraPadの検索・置換窓がサブモニタに出るのをなんとかしたいなあ。